微生物菌肥是由微生物生命活动引起的具有特定肥效的产物，是农业生产中使用的一种肥料。在中国已有近50年的历史。从根瘤菌剂-菌肥-微生物菌肥的演变，以及它的名字表明了微生物菌肥在中国的逐步发展过程。
微生物菌肥的特殊作用是什么？微生物肥料具有一些其他肥料不具备的特殊功能。
1.提高肥料利用率。随着化肥的大量使用，其利用率不断降低是众所周知的事实。这说明仅仅靠大量施用化肥来提高作物产量是有限的，更不用说环境污染等一系列问题了。因此，世界各国的科学家一直在努力探索提高化肥利用率，实现平衡施肥和合理施肥的方法，以克服其弊端。肥料在解决这一问题中发挥着独特的作用。因此，根据我国作物类型和土壤条件，施用微生物肥料配合化肥，既能保证增产，又能减少化肥用量，降低成本，同时还能改善土壤和作物质量，减少污染。
2.绿色食品生产。随着人们生活水平的不断提高，特别是人们对生活质量要求的提高，国内外都在积极发展绿色农业(生态有机农业)。绿色食品生产过程中，要求不使用或尽量少用(或限用)化肥、化学农药等化学品。它要求肥料必须首先保护和促进施用对象的生长，提高品质；其次，申请对象不会产生和积累有害物质；三是对生态环境无不利影响。肥料基本符合以上三个原则。在我国，利用具有特殊功能的菌株制成了多种微生物肥料，不仅可以减轻或减少农产品的污染，还可以提高农产品的品质。
3.环境保护。利用微生物的特定功能，将城市固体废弃物和农业废弃物进行分解发酵，制成微生物肥料，是一种经济、可行、有效的途径。已应用的主要是两种方法，一种是以大量的城市固体废弃物为原料，通过工厂直接加工成微生物有机复合肥。二是将工厂生产的专用微生物肥料(接种剂)供应到堆肥厂(场)，然后将各种农畜物料堆积起来，加快发酵进程，缩短堆肥周期，提高堆肥质量和腐熟度。此外，微生物菌肥被用作土壤净化剂。
4.改良土壤。微生物菌肥中的有益微生物能产生糖类，占土壤有机质的0.1%，它们与植物粘液、矿物胚和有机胶体结合，可以改善土壤团粒结构，增强土壤物理性质，减少土壤颗粒流失。在一定条件下，它们也能参与腐殖质的形成，因此，施用微生物肥料可以改善土壤的物理性质，有助于提高土壤肥力。
